Le SCO est de retour dans une Deuxième division qui n'a rien à voir avec celle qu'il a quittée un an plus tôt : elle est désormais constituée d'une seule poule de 22 clubs, tous à statut professionnel. Ce championnat semble promis au vice-champion de France de D1 ! En effet, l'Olympique de Marseille a été rétrogradé, sanction de l'affaire " VA-OM ". Valenciennes fait d'ailleurs partie des autres favoris de D2, au même titre que Nîmes, le Red Star, Laval, l'étonnante équipe de Saint-Brieuc et bien sûr les deux autres rélégués, Toulouse et le SCO.
Dans l'effectif angevin, c'est la grande lessive : Daury et Lagrange (Le Havre), Lévenard (Lille) et Masson (Metz) restent en D1, Galtier (Nîmes), Guion (Sedan), Rabouan (Guingamp) et Zago (Valenciennes) passent à la concurrence, Oleksiak (Aurillac) et Péan (Tours) achèvent leur carrière de joueur en division inférieure ; quant au choix de Stéphane Mottin de partir à Clermont-Ferrand, ville hermétique au football de haut niveau depuis des décennies, il surprend tout le monde. Pour remplacer ces joueurs expérimentés, Martigny choisit de jeunes joueurs en provenance de clubs huppés, parfois prêtés par eux : arrivent ainsi les défenseurs Dorado (Paris S.-G.) et Soppo-Din (Strasbourg), le milieu Bonnot (Paris S.-G.), les avants Deniaud (Auxerre) et Lambourde (Cannes). Outre le Marocain El Haddaoui, le SCO aura l'honneur d'aligner un second participant à la récente Coupe du Monde, le Camerounais Mouyémé qui a réalisé une magnifique saison à Troyes, en National.
L'entame du championnat est excellente : alors que Marseille est battue au Vélodrome par Le Mans, le SCO s'impose à Niort. Mais ce n'est qu'un feu de paille car il apparaît très vite que cette équipe scoïste n'a pas le niveau requis : elle est frop faible sur le plan technique, manque de cohésion et d'expérience et ne peut soutenir la pression qui incombe à un candidat à la D1. Elle manque de vitesse et d'entrain, développant un jeu pauvre peu spectaculaire. Elle ne remporte aucun de ses dix matches suivants, subissant de courtes défaites contre les gros (Red Star, Laval, Toulouse), perdant des points contre les sans-grades (Amiens, Dunkerque, Perpignan, Châteauroux, Valence), s'effondrant même à Nîmes (4-1) pour se retrouver à la limite de la relégation fin septembre. Le début de l'automne est meilleur et le public de Jean-Bouin a le plaisir d'assister à trois victoire consécutives, dont un 3-0 contre Mulhouse où Georges Mouyémé, en forme, réussit un doublé.
Le 26 novembre, pour le dernier des matches aller, le SCO reçoit l'Olympique de Marseille, affiche de l'année. Il y a près de 15.000 spectateurs. Grâce à un but de Stéfanini, il tient son prestigieux adversaire en échec (1-1). Trois jours plus tard, contre Amiens, ce sont les débuts en Coupe de la Ligue, désormais calquée sur son homologue anglaise et dotée d'une place en coupe de l'UEFA. Au bout de 35 minutes, le gardien Aubry doit sortir, claqué ; le SCO est finalement éliminé aux tirs au but. Et quatre jours après, au même endroit et devant le même adversaire, c'est le même résultat (1-1), cette fois en championnat. Le SCO, en piètre posture, termine l'année 1994 par une (large) qualification en coupe de France (4-1 contre Bourges) et un changement de président : Jacques Tondut se retire et le célèbre pépiniériste Jacques Briant le remplace à la tête du directoire.
Après la trêve, la coupe de France procure la seule satisfaction de la saison : il ne s'agit pas tant de la pénible qualification contre la modeste équipe de Châteaubriant, obtenue aux tirs au but, ce qui coûte sa place à Alain de Martigny, mais plutôt de l'exploit, réussi à Gerland avec un doublé de Deniaud et un but de Mouyémé, d'éliminer l'Olympique lyonnais de Jean Tigana qui finira vice-champion de France. La prise de pouvoir par André Guesdon aurait-elle provoqué le fameux " choc psychologique " ? Pas du tout ! En championnat, en effet, ça devient la Bérézina : cinq défaites consécutives font glisser le club angevin à la 20ème place (sur 22). Au soir de l'élimination de la coupe de France par Mulhouse, l'objectif unique du SCO est tout bonnement de se maintenir, loin, très loin des ambitions de début de saison.
Sans être brillant, le dernier tiers du championnat est un peu moins mauvais sur le plan comptable. Cinq journées avant la fin, le SCO est néanmoins relégable. Il s'impose contre Sedan mais s'incline à Nancy. Restent trois matches, dont deux à domicile entrecoupés par un déplacement à Marseille qui lutte pour le titre de champion de D2. Avant ce redoutable déplacement, le SCO fait le maximum contre la bonne équipe d'Alès, nettement battue 3 à 0 (nouveau doublé de Deniaud, nouveau but de Mouyémé). Le voilà à 3 points de Perpignan, 2 de Laval, 1 de Niort, à 1 point devant Saint-Brieuc et Beauvais, 4 devant Nîmes et Sedan. Guesdon apprend le même jour qu'il ne sera pas reconduit dans ses fonctions et que le Dijonnais Bruno Steck dirigera le SCO en 1995-96.
Il n'y a que 18.000 spectateurs au Vélodrome ; le SCO ouvre la marque par son virevoltant ailier gauche Gilbert, mais l'inévitable Cascarino et Ferrer sur pénalty donnent la victoire à l'OM, qui se retrouve à égalité avec Guingamp avant la dernière journée. A l'arrière, Laval, Niort et Perpignan sont sauvés, Beauvais et Sedan ont gagné, Saint-Brieuc a fait nul, Nîmes est relégué. Au coup d'envoi du dernier match de la saison, les espoirs de maintien sont faibles. En situation de relégable, le SCO doit impérativement devancer Beauvais qui se trouve 2 points devant mais possède une différence de buts légèrement défavorable ; autrement dit, le SCO doit obligatoirement battre Niort et espérant que Beauvais ne gagnera pas contre Dunkerque qui n'a plus rien à jouer. Bien menés par El Haddaoui, les Angevins remplissent leur mission, ouvrant la marque par Christophe Gehra juste avant la mi-temps. Beauvais, de son côté, pense avoir assuré le coup en marquant dès la deuxième minute, mais Dunkerque a égalisé à la demi-heure. Si le temps s'écoule trop vite dans l'Oise, il paraît interminable en Maine-et-Loire. Au final, Beauvaisiens et Niortais n'ayant pu marquer, le SCO se sauve in extremis, une fois de plus ! Quant à l'OM, il est champion de D2 mais dépose son bilan, ce qui le prive de montée en D1.
Départs : Ardeois (Romorantin), Daury (Le Havre), Galtier (Nîmes), Guion (Sedan), Lagrange (Le Havre), Lévenard (Lille), Masson (Metz), Mottin (Clermont-Ferrand), Oleksiak (Aurillac), Péan (Tours), Rabouan (Guingamp), Rodriguez (Louhans-Cuiseaux), Zago (Valenciennes)
Arrivées : Badiane (Avranches), Bonnot (Paris-St-Germain), Bourgeais (Segré), Deniaud (Auxerre), Dorado (Paris-St-Germain), Gilbert (La Roche-sur-Yon), Lambourde (Cannes), Mouyémé (Troyes), N'Zamba (Mulhouse)
Effectif : Aubry, Badiane, Bonnot, Boulday, Bourgeais, Deniaud, Discolle, Dorado, Ducourneau, El Haddaoui, Fernandez, Garcia, Garnier, Gehra, Gilbert, Lambourde, Lhommédé, Louït, Mouyémé, N'zamba, Poulard, Ramé, Rey, Sachy, Stefanini
© Olivier Moreau 2007