La saison s'annonce plutôt bien avec l'arrivée de Stéphane Paille au poste d'entraîneur, son expérience du National étant jusque là réussie. Il arrive avec de bons joueurs et le groupe semble taillé pour l'objectif qui lui est clairement assigné : la remontée immédiate en L2. Après 5 journées, le SCO produit du beau jeu et se retrouve sur le podium, la voie est toute tracée. Puis, patatras! Une deuxième mi-temps désastreuse lors de la 7ème journée contre Cannes marque le prélude d'une longue descente aux enfers. De la 7ème journée à la 25ème, soit durant 19 matches, le SCO n'engrange que 15 points (3 victoires et 6 nuls), étant de loin la pire équipe de National sur cette période. Les blessures et suspensions s'accumulent (début 2006, le SCO joue ses premiers matches avec une moyenne de 12 blessés et 2 suspendus), l'ambiance est tendue (Théréau veut partir au mercato, plusieurs joueurs ne s'impliquent pas vraiment). Le président fait encore des siennes, une pétition demandant son départ obtient 800 signatures durant l'hiver. Bref, tout va pour le pire dans le pire des mondes. En janvier, au soir d'un énième revers à Tours, Paille est limogé et remplacé par Beaufreton. Ce dernier ose pallier les absences pour blessure ou méforme des titulaires par des jeunes qui sont massivement incorporés. Ainsi, à Sannois, seuls 5 ou 6 titulaires potentiels sont sur la feuille de match, le reste étant composé de joueurs de CFA2 ou des -18 ans. Le pari risqué de Beaufreton est payant, les petits jeunes relancent la machine. Sur les 13 derniers matches, le SCO prend 23 points, soit la 3ème meilleure performance du National. Mieux, sur les 10 derniers matches, le SCO ne prend que 3 buts et se permet même de punir le champion Niort, certes déjà en L2, 5-0. L'essentiel est fait, le mantien est assuré.
Cette saison, le SCO est vraiment une équipe de paradoxes. Meilleure équipe sur les 6 premiers et 13 derniers matches réunis, plus mauvaise sur les 19 matches du milieu, le SCO a montré 2 visages diamétralement opposés tout au long de la saison. Mais il a aussi été complètement différent à domicile et à l'extérieur. Avec 31 buts marqués et 22 encaissés, le SCO est la 2ème attaque et 15ème défense à domicile, ce qui fait de Jean Bouin le stade le plus spectaculaire du National. Avec 11 buts marqués et 13 encaissés, le SCO est par contre la 19ème attaque à l'extérieur et meilleure défense de loin (17 buts pour la 2ème meilleure défense), ce qui fait du SCO l'équipe la plus ennuyeuse à suivre en déplacement (24 buts contre 32 pour Cherbourg).
En Coupe de France, après l'exploit de l'an passé contre Marseille, c'est l'humiliation qui attend le SCO. Deux tours sans souci contre des clubs de PH puis l'élimination nette et sans bavure contre le Club Franciscain, club martiniquais de niveau... DH. En Coupe de la Ligue, élimination traditionnelle au premier Tour. Cette année, le bourreau est le voisin lavallois qui se qualifie dans les arrêts de jeu contre le cours de ce dernier.
3269 spectateurs de moyenne contre 4692 l'an passé, soit une baisse de 20% qui s'explique par la descente d'une division et par des résultats longtemps catastrophiques. Quand on ajoute à cela des tarifs peu attrayants, rien de surprenant !
Les trois meilleures affluences ont été :
L'affluence a été très mauvaise tout au long de la saison, seuls 5 matches dépassant la (petite) barre des 3000 spectateurs. Il n'y a pas eu de bonne période mais l'hiver a lui été particulièrement difficile, à l'exception du match face à Ajaccio et ses milliers d'invités.
Un nouveau groupe de supporters a rejoint le KDLB et le SCOP cette saison, il s'agit des Magic SCO qui ont largement contribué à l'ambiance en St-Léonard.
Une fois n'est pas coutume, Patrick Norbert a commencé la saison sur de bonnes bases en engageant un entraîneur expérimenté, Paille, et en lui donnant les moyens nécessaires pour faire venir les joueurs qu'il souhaitait. M. Norbert a même engagé Jean-René Toumelin, l'ancien président du FC Nantes, en tant que président-délégué afin de prendre du recul. Bref, que de bonnes décisions. Mais quand l'automne fut venu, accompagné de mauvais résultats, tout s'écroula. Après avoir mis une forte pression sur Paille, il s'est séparé pour d'obscures raisons de Toumelin, tout en faisant appel à Michel Dhrey pour que celui-ci s'implique dans le club. Ajouté à cela que l'antienne du complot des journalistes est ressortie, le public angevin en a eu marre et, par le biais d'une pétition ayant récolté 800 signatures (!), a réclamé son départ. Jusqu'à la fin, Norbert aura joué avec les nerfs des supporters (et de la mairie !) en ne dévoilant pas ses plans concernant une éventuelle reprise du club à la fin de la saison. Tout juste laissait-il savoir qu'il avait de nombreuses propositions. Finalement, ultime contre-pied, la raison l'a emporté ! Il a cédé le club à une équipe qui est partie sur de bons rails...
Stéphane Paille est arrivé à l'intersaison auréolé d'une montée en L2 obtenue avec Besançon quelques saisons plus tôt avec un style de jeu offensif. Il a donc été accueilli avec un a priori très favorable, d'autant que les joueurs qu'il a fait venir étaient expérimentés. Malgré de premiers résultats probants, il n'a pu empêcher la formation de clans au sein des joueurs, l'ambiance s'en ressentant fortement. Ajoutée à cela une cascade de blessures et voilà une tâche devenue bien compliquée pour le Savoyard. Menacé dès l'automne, il n'a jamais su redresser la barre et a été limogé en janvier.
Son successeur, Jean-Pascal Beaufreton, confronté lui aussi dès son arrivée aux blessures et suspensions à répétitions, a eu l'audace de miser sur les jeunes en faisant confiance aux joueurs de CFA2 voire de -18 ans. Et son audace a payé ! Après quelques matches de tâtonnements, le SCO a réalisé un quasi-sans-faute durant les 13 dernières journées de championnat. Alors que l'on ne voyait pas très bien comment le SCO pourrait tout simplement se maintenir lorsqu'il est arrivé, Beaufreton a réussi le tour de force de sauver le club plusieurs journées avant la fin, l'emmenant même dans le ventre mou du classement. Belle réussite pour ce fidèle du SCO qui a dû être couvert par Jacky Lemée car ne disposant pas du diplôme nécessaire.
Dans les buts, Cappone a été le titulaire tout au long de la saison et a réalisé de très bonnes prestations. Lucas a été utilisé pour les coupes et pour remplacer Cappone à l'automne lorsque ce dernier s'est blessé. Il a fait un honnête interim mais sans menacer le titulaire.
La défense-type de la saison se compose de Kipré-Cygan-Sonnerat-Djellabi. Kipré a fait une bonne saison sur le plan sportif mais a été mis en cause pour son comportement en dehors du terrain. Cygan a été longtemps blessé et a probablement trop forcé. Son expérience a été précieuse en fin de saison pour encadrer ses jeunes coéquipiers. Sonnerat a été titulaire pendant la 1ère moitié du championnat puis a ensuite mystérieusement disparu alors que ses performances étaient bonnes. Djellabi a eu une saison en dents de scie, il n'a jamais vraiment convaincu à un poste d'arrière gauche qui n'est pas le sien. Akouassaga a joué fin 2005 mais n'a pas montré beaucoup de qualités. De Parseval, joueur des -18 ans, a profité des mésaventures de l'équipe première pour s'y imposer, il est LA révélation de l'année. Sourice a rendu de bons services en fin de championnat. Weis était parti titulaire mais une grave blessure puis une rechute à son retour ont eu raison de sa saison. Bamba est apparu sporadiquement. Vespuce a joué autant de matches de Coupe de France que de championnat. Rosay, venant des -18 ans, a fait de bonnes apparitions sur le côté gauche en fin de saison mais une blessure l'a empêché de jouer plus. Enfin, Morand ne s'est montré qu'à 2 reprises.
15 joueurs se sont partagé les 4 places du milieu de terrain. Seul Obbadi en était un titulaire indiscutable, le meneur de jeu et meilleur joueur angevin, sans contestation. Stassin a joué encore plus de matches qu'Obbadi mais il a joué le 1ère moitié de saison au poste de libero, palliant les blessures de Cygan puis Weis. Pas toujours au top sur le terrain, le capitaine a toutefois fait montre d'une mentalité irréprochable en jouant libero puis en jouant blessé en fin de saison. Le côté gauche a été animé par Vaugeois jusqu'à sa longue blessure survenue en janvier. Le côté droit a été quant à lui dévolu à Garny qui n'a pu commencer à jouer qu'à l'automne. Clavier et Filipovic ont régulièrement joué en équipe première, comme premiers remplaçants. Clavier est à créditer de quelques bonnes prestations alors que Filipovic n'a pas fait merveille. Assous a joué le début de saison avant d'être évincé pour raisons disciplinaires. Moussi est revenu en févrir d'une grosse blessure et a fait du bien durant la fin de saison. Soumaré a été régulièrement titulaire avec Beaufreton et a fait de bons matches. Zahiri et Saleh ont un peu joué en coupe et en fin de saison. El Hajjam a fait quelques matches durant l'hiver, Bourgaud, Radigois et Siounandan ont également joué quelques bouts de matches.
En attaque, Théréau a été titulaire quasiment tout au long de la saison, réalisant un gros début et une grosse fin de championnat. Mais ses états d'âme ont profondément altéré son rendement automne/hiver, sa forte baisse de régime coïncidant avec celle du SCO. Boulila a également joué durant tout le championnat, de nombreuses suspensions et petites blessures lui assurant quelques plages de repos. Joueur talentueux mais râleur et pas toujours combatif. Baldé a joué les remplaçants entrant en cours de jeu, mais sans grande efficacité. Rangdet a joué jusqu'à se grave blessure. Il n'a pas eu la même réussite qu'à Sannois, bien que généreux dans l'effort. Comme Baldé, Inkango est régulièrement entré en jeu, pour pas grand chose. Enfin, G'Bizié, Chevalier et Dumontant ont également montré le bout de leur nez.